Javascript в этом плане более «функционален». В нём можно указать настройки, опираясь на данные проводника. Т.е. мобильная версия будет работать в мобильном устройстве, и при этом не будет работать на компьютере, как бы не изменялась ширина окна браузера. Правда можно сделать и опираясь на ширину окна.
Величина ширины проводника – screen.width, величина ширины окна браузера – window.innerWidth.
Пример:
<script language="JavaScript">
if (screen.width <= '1000') {
document.write ('');
}
if (window.innerWidth > '1000') {
document.write ('');
}
</script>