Дело оказалось в регистрации спамеров, под видом пользователей. Я то наивный думал, что раз у меня нет нигде блока регистрации то и регистрироваться соответственно никто не будет. Зря я так думал. В итоге за недолгое существование новой Joomla 3, на иве образовалось более трёх тысяч учётных записей. И повышенная нагрузка была вызвана, как раз тем, что эта гадость продолжала плодиться.
Создание редиректа с панели регистрации на главную страницу не спасло ситуацию. Спамеров это не остановило и регистрация продолжилась.
Потом не особо хитрым действием – я таки нашёл решение, просто отключив регистрацию новых пользователей:
Пользователи > Менеджер пользователей > Настройки (кнопка в правом верхнем углу). И здесь уже отключаем.
Меня это спасло, потому что мне не нужны пользователи на сайте, комментаторов я с удовольствием встречу на форуме, однако в случае если Вам на сайте регистрация пользователей всё-таки нужна, могу порекомендовать модуль Cleantalk. Сам я пользуюсь этим сервисом защищая форум от спама.